L'article se propose de montrer comment les Institutions de physique élaborent une nouvelle conception de la science qui renonce à fonder notre connaissance de la nature sur des principes métaphysiques incertains pour cantonner le champ épistémique aux phénomènes expérimentables. Cela permet d'interroger les allégories présentes dans la Bible, de pointer les incohérences ou absurdités physiques qui parsèment le texte, mais surtout de façonner une attitude sceptique à l'égard du texte sacré.