Cette recherche archéozoologique s'intéresse aux relations homme-animal, de I' Antiquité tardive (milieu du 3e s.), jusqu'à la fin du premier Moyen Age (11e s.). Elle englobe le Massif jurassien et la Plaine d'Alsace. Ces deux régions géographiques limitrophes sont des axes de passage, des zones fluviales (Doubs, Saône, Rhône, Rhin), qui ont appartenu à des royaumes différents et qui ont été habitées par des populations soumises à des influences culturelles différentes. Trois entrées sont utilisées pour analyser les sources ostéologiques : les contextes domestiques ruraux, les contextes funéraires ruraux, la mortalité du cheptel bovin. Un premier chapitre présente la problématique, le cadre physique, chronologique, méthodologique, de cette recherche transfrontalière (est de la France, Suisse occidentale, Allemagne méridionale). Le chapitre 2 prend en compte 64 sites d'habitat (env. 146000 restes osseux pour 87 taxons), en distinguant les milieux géographiques, environnementaux, sociaux. Des éléments de synthèse sont présentés (alimentation, élevage, chasse). Le chapitre 3 examine une trentaine d'ensembles funéraires qui ont livré des ossements animaux. Nous distinguons des objets symboliques, des squelettes animaux, des dépôts alimentaires. Les découvertes sont mises en perspective avec d'autres connues en Gaule et dans la sphère germanique.Le chapitre 4 se fonde sur l'étude de squelettes de bovins altomédiévaux, mis au jour sur trois sites différents d'une même petite région. L'hypothèse de dépôts de cadavres en relation avec des épisodes de mortalité infectieuse est évoquée et mise en perspective avec des cas similaires connus en France pour la même période. L'ensemble a été confronté aux sources écrites traitant de la mortalité animale au Moyen Âge. Le chapitre 5 livre la synthèse générale des résultats, par contextes et par catégories animales. Un volume d'annexes répertorie de nombreuses données complémentaires.