La lutte contre le paludisme reste, aujourd’hui encore, une des priorités de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) car presque 43% de la population mondiale est exposée au risque de cette maladie. Les plans mondiaux déclinés à échelle nationale sont reconfigurés par les pays concernés en politiques sanitaires, pour tout le territoire. L’objectif de cette communication est de traiter de la difficulté pratique d’une programmation déclinée à plusieurs échelles territoriales : impulsée « d’en haut » (du national) vers le « bas » (postes de santé et centres de soins). Pour cela nous prendrons l’exemple de la ville de Saint-Louis, au Sénégal. Cette ville moyenne se trouve dans une région qui entrera bientôt en phase de pré-élimination selon les déclarations du ministère de la santé. Pourtant au regard des données de santé et des spécificités de la ville, il semble exister des biais de surveillance qui pourraient ne pas appuyer cette voie de la pré-élimination.